ImageJ を Vine Linuxで使う [Vine 5.2]

画像解析ツール ImageJ (NIH Imageの後継版）を Vine Linux 5.2 にインストールしてみました。

 

• まず ImaegeJ オフィシャルサイトへ行きます。
• "Download"ページを開き、"Linux" のところを読みます。
• (Instruction)のリンクを開きます。ここに、インストールの仕方が書いてあります。
  
• 32ビット版か64ビット版、適当な方をダウンロード
• あとは、rootになって
  
  • 適切なディレクトリにtar を展開 ( /usr/local/share にしました。他でも可と思います。）。ここに　ImageJというディレクトリが出来ます。
    

    # cd /usr/local/share
    # tar zxvf ij144-linux64.tar.gz
    # cd ImageJ
    # chmod go+wx .

  • ここで 
    ./run
    とすればImageJが起動します。
    run　は下記のような簡単なスクリプト：
    # cat run
    ./jre/bin/java -Xmx512m -jar ij.jar
    
    

  • 以上でとりあえず動きました。
    これでもよいのですが、"run" の他にもう一つ、詳しい実行用のスクリプト "script" が付属しているので、これも使ってみます。
    エディタで開いて変数を適当に書き直します：
    
    # cp script imagej
    # emacs imagej
    
    変更内容は以下：
    32c32,33
    < ij_path='/local/ImageJ'
    ---
    > #ij_path='/local/ImageJ'
    > ij_path='/usr/local/share/ImageJ'
    34c35,36
    < ij_path_dev='/home/jjackson/ImageJ'
    ---
    > #ij_path_dev='/home/jjackson/ImageJ'
    > ij_path=${ij_path}
    43c45,46
    <     java_home_Linux_x86_64="${ij_path}/jre64"
    ---
    >     java_home_Linux_x86_64=${java_home_Linux}
    > #    java_home_Linux_x86_64="${ij_path}/jre64"
    
    最後のは、64ビット版に同梱されているjavaの収められているサブディレクトリ名が　jre64　ではなく jre となっていたので、それに対応したものです。(後に変更されるかもしれません。）

• 上記で編集した実行用スクリプト imagej をパスの通った場所へ：
  # ln -s /usr/local/share/ImageJ/imagej /usr/local/bin
  

以上です。

 起動するとこんなパネルが出ます：

 

メニューのFile>Open samples にあるサンプル画像はリモートからダウンロードするようです。

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